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在过去的二十年中，粪肠球菌已成为医院内感染的最常见病原体之一，通常会引起尿路，腹膜和血液感染。
特别令人关注的是粪肠球菌越来越难以治疗，因为其对某些抗菌剂（包括万古霉素）的耐药性。
近年来，耐万古霉素肠球菌（VRE）感染的爆发引起了全球关注。
利奈唑胺是恶唑烷酮类药物中治疗VRE感染的第一种抗菌药物，由于其独特的抗菌作用机制，其耐药性降低的可能性很低。
但是，出现了对利奈唑胺耐药的粪肠球菌的病例增多。
在中国的一项研究发现，在分析的265个分离物中有10个（3.8％）对利奈唑胺有抗药性。
世界其他地区的医院也发现了耐利奈唑胺的粪肠球菌的分离株。
除了耐药性问题，粪肠球菌还具有高生物膜形成能力，这使得感染更难以治疗。
在英国，来自血液感染的粪肠球菌100％具有形成生物膜的能力，日本的另一项研究表明，尿路感染的352种粪肠球菌分离株均形成了生物膜。
其他研究也表明，粪便肠球菌临床分离株中约有5090％形成生物膜。
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