文献综述
课题名称：红领吸蜜鹦鹉线粒体基因组全序列及进化分析
一、红领吸蜜鹦鹉的介绍
鹦鹉是鹦形目，典型的攀禽，羽色鲜艳，常被作为宠物饲养。鹦鹉中体形最大的当属紫蓝金刚鹦鹉，体长可达100厘米，最小的是蓝冠短尾鹦鹉 ，体长仅有12厘米。大多数鹦鹉主食树上或者地面上的植物果实、种子、坚果、浆果、嫩芽嫩枝等，兼食少量昆虫。吸蜜鹦鹉类则主食花粉、花蜜及柔软多汁的果实。鹦鹉类在世界各地都有分布。种类非常繁多，有2科、82属、358种，是鸟纲最大的科之一。
其中虹彩吸蜜鹦鹉共有21个亚种，体长25-30厘米，羽色鲜艳。红领虹彩吸蜜鹦鹉曾经被认为是虹彩吸蜜鹦鹉的亚种 ，但是今天大多数主要当局认为他们是独立的物种。它与虹彩吸蜜鹦鹉一样，身上的羽色宛如彩虹般炫丽夺目，是Trichoglossus属中颜色最鲜豔亮丽的种类。由于它们的颈部是鲜艳的橙红色，因此又被称为红颈吸蜜鹦鹉。在国内它们是相当受欢迎和普遍的吸蜜鹦鹉。主要栖息于澳洲北部。它们的外型和彩虹吸蜜非常神似，不同的是它们整个头部均为蓝紫色；喉咙和颈部两侧带有黑色；胸部为橘黄色无滚边；腹部为黑绿色；颈部弯曲的地方为红色。它们的体型是亚种中最大的，为28公分。
二、鸟类线粒体基因组的结构与概念
线粒体是一种存在于真核细胞中提供能量、执行细胞程序性死亡、疾病、老化等功能的的重要细胞器。线粒体拥有自身独立的遗传体系，线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)是真核生物的核外遗传物质，具有独立复制的基因组，其结构简单、分子量小、进化速率快、编码效率高、无组织特异性且为母系遗传。同时线粒体基因的复制、重组、转录等过程的大部分酶由核基因编码，所以说线粒体是一种半自主性的细胞器。线粒体DNA广泛存在于脊椎动物体内，结构基本一致，是一个共价闭合的双链环状，长度为15kbp~20kbp,编码区包含37个基因，其中13个为蛋白质编码区、22个tRNA、2个rRNA,非编码区包含L-复制起始区和D-Loop环区。作为系统发育研究的理想材料，线粒体基因成为分子系统学的热点。在鸟类线粒体基因中，Ctyb、COⅠ、12SrRNA基因是研究的最多的分子标记。Ctyb基因常能用一对通用引物扩增，所以作为最重要的系统发育的分子标记之一，在鸟类线粒体基因中被研究的最为广泛。如Sraml等利用Ctyb基因对澳大利亚的雁形鸟类进行了系统发生研究。由于线粒体单个基因的进化速率有差异，以单个基因序列为分子标记的系统发生研究往往存在误差，以线粒体全基因为手段分析鸟类的系统发生则可以减少这种误差。
三、国内外同类研究概况
20世纪90年代以来，线粒体DNA作为分子标记被广泛应用于鸟类系统发育和物种鉴定研究中其中最广泛的分子标记是COI和Cytb。1990年Desjardins和Morais首次测出了红原鸡的线粒体DNA基因组全序列，全长16557bp,是第一个鸟类基因组全序列，其结构和基因组成与其它脊椎动物的mtDNA序列一致。和其他脊椎动物线粒体基因组了类似，红原鸡的线粒体DNA基因组由2个rRNA（12S和16S）、13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和一个非编码控制区组成。其中ND6蛋白基因和和6个tRNA基因（Glu、Gln、Ans、Cys、Tyr）在轻链上编码，余下28个基因在重链编码。13个蛋白编码基因是与线粒体内膜相结合的酶复合体亚单位，包括色素b，2个ATP酶的亚单位（ATPase6、ATPase8）、三个细胞色素c氧化酶的亚单位（COⅠ、COⅡ、COⅢ）/7个NADH还原酶复合体的亚单位（ND1、ND2、ND3、ND4、ND5、ND6）。2003年金宏等人通过对19种雁形目鸟类mtDNA 12S rRNA基因和Cytb基因的测定，构建系统发育树研究雁形目鸟类的分类地位。2004年王翔等人通过PCR扩增获得9种雀科鸟类的系统发育树。2006年黄豪等人测得大石鸡的mtDNA的D-Loop序列对大石鸡的兰州亚种进行了分析，研究了其种群的多样性。
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