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1.1分子动力学的概念分子动力学模拟用来描述蛋白质行为的模式、强度和性质，药物受体相互作用，溶剂化在分子中，蛋白质或分子在各种条件下可能经历的构象变化，以及需要系统评估动态分子系统中分子性质的其他事件。
就在几年前，蛋白质被认为是刚体结构，构象灵活性非常有限。
然而，蛋白质是一种高度动态的结构，其内部结构是其三维空间排列和生物学功能的关键。
在实验室中对蛋白质动力学的研究是一个非常复杂、昂贵和耗时的过程.因此，大量的努力和希望就在于计算机和硅中蛋白质结构和分子动力学研究。
分子动力学主要依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。
它对原子核和电子构成的多体系统，求解运动方程，是一种能够解决大量原子组成的系统动力学问题的计算方法，不仅可以直接模拟物质的宏观演变特性，得出与试验结果相符合或相近的计算结果，还可以提供微观结构、粒子运动以及它们和宏观性质关系的明确图像，从而为新的理论和概念的发展提供有力的技术支撑。
1.2 分子模拟分子模拟的三步法和大致分类三步法：第一步：建模。
包括几何建模，物理建模，化学建模，力学建模。
初始条件的设定，这里要从微观和宏观两个方面进行考虑。
第二步：过程。
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