分子动力学模拟研究Thermotoga maritima的α -葡萄糖苷酶与底物的相互作用文献综述

 2021-11-05 19:15:13

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1.1.α -葡萄糖苷酶的简介葡萄糖苷酶(glucosidase)从本质上来讲是一种糖苷水解酶,根据蛋白质晶体结构的同源性与功能的相似性,已知的糖苷水解酶可以分为133个糖苷水解酶家族(GH1-GH133)。

葡萄糖苷酶又可分为外切(exo-,从底物两端开始)和内切(endo-,从底物中间)两种,根据水解底物的方式的不同。

同时,葡萄糖苷酶也可分为α-葡萄糖苷酶和β-葡萄糖苷酶,因为糖苷键可以被分为α-糖苷键和β-糖苷键(糖苷键的成键方式分为α-型和β-型两种)。

根据在水解前后底物分子的构型变化,葡萄糖苷酶可分为保留型葡萄糖苷酶(底物异头碳的构型不发生变化)和翻转型葡萄糖苷酶(底物异头碳的构型发生变化)。

实际上,自然界中大多数α -葡萄糖苷酶的都是保留型葡萄糖苷酶,遵循着两步法的催化机制[1]。

事实上,α -葡萄糖苷酶是同时具有水解和转糖苷的作用的(在糖的催化反应中),也就是说它的催化反应是可逆的,而大多数的葡萄糖苷酶都具有一定的转糖苷能力。

其中水解作用就是通过消化寡糖和淀粉等,合成葡萄糖,提高血糖浓度;转糖苷作用则是以最终合成低聚异麦芽糖为目的,利用糖苷将环境中游离的糖基转移到受体底物分子上。

当受体分子为活性水分子时,α -葡萄糖苷酶表现为水解酶的活性;当受体分子是带有羟基的非水分子时,α -葡萄糖苷酶表现为转糖苷的活力[2]。

在两种情况下可能出现转糖苷作用,一种让底物分子和α -葡萄糖苷酶通过共价结合的形式存在,然后将活跃的游离的葡萄糖残基转移到有一个羟基的受体分子上[3];另一种则是如上所述的逆水解作用,通过影响反应的平衡条件来实现。

1.1.1.α-葡萄糖苷酶的结构以本文中使用的Thermotoga maritima的α -葡萄糖苷酶AglA晶体(PDB code: 1obb)为例(如图1-1),它是由α -葡萄糖苷酶AglA与底物麦芽糖(MAL)和辅酶NAD形成复合物的晶体结构,由两个亚基构成。

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