基于分子对接和分子动力学方法对多形拟杆菌alpha;-L-鼠李糖苷酶催化特异性的机制研究
——文献综述
1 alpha;-L-鼠李糖苷酶的研究进展
alpha;-L-鼠李糖苷酶是一种常见糖苷水解酶，在自然界细菌与真菌中广泛存在，可针对alpha;-1,2、alpha;-1,3、alpha;-1,4、alpha;-1,6及alpha;1链接的鼠李糖苷键进行水解[1]。因此，在食品、医药、化学中涉及鼠李糖切割的领域均有广泛的应用[20]。目前，仅有六种来源的alpha;-L-鼠李糖苷酶的晶体结构（如表1-1）被解析出来，它们在PDB数据库中编号为：2OKX、3W5M（3W5N）、3CIH、6GSZ、4XHC、6I6O[20]，其中3CIH就是本课题要研究的重要对象。alpha;-L-鼠李糖苷酶在生产实践中具有重要应用价值，如食品工业中利用alpha;-L-鼠李糖苷酶将橘皮苷水解为alpha;-L-鼠李糖和橘皮素糖苷，从而去除柑桔汁中柚皮苷的苦味。另外，alpha;-L-鼠李糖苷酶还可以作用于萜烯基糖苷类物质，对改善葡萄汁及其他饮料的香气成分方面发挥重要应用[2]。本课题旨在利用分子对接和分子动力学技术对多形拟杆菌alpha;-L-鼠李糖苷酶BtRha的催化机制进行探讨，在数据分析基础上加深对整个alpha;-L-鼠李糖苷酶家族的认识，从而为以后alpha;-L-鼠李糖苷酶的定向改造研究提供基础和指导。
1.1alpha;-L-鼠李糖苷酶
alpha;-L-鼠李糖苷酶（alpha;-L-rhamnosidase）是一种糖苷水解酶。可有效的作用于alpha;-1,2、alpha;-1,3、alpha;-1,4、alpha;-1,6及alpha;1链接的糖苷键[1]。不同来源的alpha;-L-鼠李糖苷酶的结构不同，其催化特征性也不尽相同，目前该酶在食品、医药、化学等行业有着广泛应用[20]。
1.1.1alpha;-L-鼠李糖苷酶的来源
alpha;-L-鼠李糖苷酶 (alpha;-L-rhamnosidase) 是一种来源广泛的糖苷水解酶，在自然界中普遍存在，已有文献报道该酶存在于哺乳动物、植物、真菌、细菌等生物体中，有胞内酶和胞外酶之分；其中真菌和细菌来源的alpha;-L-鼠李糖苷酶的研究较多。
1.1.2alpha;-L-鼠李糖苷酶的酶学特性
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