苦豆子叶片转录组测序与SSR分子标记开发
1.苦豆子物种简介
苦豆子 Sophora alopecuroides L. 又名草本槐、苦豆根，是豆科（Leguminosae）槐属 SophoraL多年生草本植物，高约1米左右。枝被白或淡灰白色较长柔毛。羽状复叶，小叶7-13对，对生、近互生，纸质。总状花序，顶生；花多数，密生；苞片托叶状，常脱落；花萼斜钟状；花冠呈白色、淡黄色；雄蕊10，花丝为不同程度连合，有时类似两体雄蕊。荚果串珠状，长约8-13厘米，内含多枚种子；种子近卵球形，褐色或黄褐色。花期为5-6月，果期为8-10月。产于我国内蒙古、山西、陕西、宁夏、甘肃、青海、新疆、河南、西藏等地[1]。苦豆子为根茎地下芽植物，其根蘖萌发力强，生长快，多生长于荒漠、半荒漠沙地和草原边缘地带，具有很强的耐干旱、耐极寒、耐盐碱以及抗风蚀的能力，有固定沙土的作用，常在黄河的两岸栽培固定土壤砂石，是我国北方生态系统中重要的生态草[2]。近些年的关于苦豆子的化学成分研究表明，苦豆子化学成分多而复杂，目前国内外学者分离得到的化学成分主要为生物碱类、黄酮类，其中生物碱类含量高，研究及应用较为广泛。除此之外，苦豆子还含有挥发油、多糖、无机元素及游离氨基酸等多种化学成分，其主要的活性成分氧化为苦参碱和苦参碱，具有治疗乙型肝炎、抗病毒、抗肿瘤、免疫调节等药理活性[4]。苦豆子全株均可入药，味苦、性寒，具有清热解毒、消炎抗菌的作用，苦豆子的根可以治疗喉痛、咳嗽、痢疾、湿疹以及皮肤瘙痒等疾病，具有十分重要的药用价值[5]。
2.转录组测序概述
关于转录组的定义，广义上的转录组是指生物体细或组织在特定状态下所转录出来的所有 RNA 的总和，包括编码蛋白质的 RNA(m RNA)和非编码蛋白质的 RNA(nc RNA，如 rRNA、t RNA、micro RNA等)；狭义上的转录组是指所有 mRNA 的总和[6]。
随着人类基因组计划的完成,人类进入探究生物奥秘的后基因组时代，转录组学、蛋白质组学以及基因组学等逐渐被广泛研究和应用,其中转录组学、蛋白质组学的研究和是最广泛的,而转录组学相较蛋白质组学又是先发展起来的[7]。
2.1转录组测序简介
第一代测序技术以上世纪70 年代发明的Sanger法为代表[8] ,然而其测序通量不高、费时、费力，因此效率低。2005年以来， Roche公司的454 技术、Illumina公司的Solexa技术以及ABI公司的SOLi D技术的出现，标志着高通量测序技术的诞生，相较于Sanger法，其自动化程度高、通量高、测序长、速度快、准确率高、价格便宜，可以一次对几十万甚至几百万条DNA分子序列进行测定, 在许多文献中被称为“新一代测序技术”，目前，该项技术已经在含有大量重复序列的真核生物基因组测序中得到广泛的应用[9]。而转录组测序就是利用第二代高通量测序技术进行 cDNA 测序，以获取某一物种几乎所有的转录本。转录组测序的流程一般包括：收集样品、提取样品的RNA、c制备DNA文库、DNA高通量测序、生物信息学分析[10]。目前，转录组测序的应用有：（1）两个及两个以上样品之间基因差异性表达研究；（2）功能注释、分类及代谢途径分析；（3）预测编码序列框（CDS）；（4）开发分子标记（SNPs、c SSR）[11] 。随着测序技术的不断发展，将新一代测序技术应用与苦豆子的研究中，不仅可以降低成本与时间，还可以获得丰富的数据以应用于苦豆子转录组和生长发育的相关研究中。
3.分子标记
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