薄壳山核桃嫁接愈合过程中的差异表达基因分析
1 薄壳山核桃嫁接
薄壳山核桃( Carya illinoensis) ，又名美国山核桃、长山核桃，是重要的经济干果树种，也是重要的用材和绿化树种，具有经济、生态和社会的综合效益，主要分布在江苏、浙江、安徽、云南、陕西、 福建、江西和湖南等地区【1】。在适生地区是优良的行道树和庭荫树，还可植作风景林，也适于河流沿岸、湖泊周围及平原地区“四旁”绿化，其果仁可食用，营养价值较高，富含油脂、蛋白质以及不饱和脂肪酸，其果仁含油率为70%左右，是优良的木本油料树种。
由于该树种具有童期长(可长达10 a) ，种子高度杂合的特点，实生繁殖不利于其大规模栽培与推广。目前，繁殖薄壳山核桃主要通过嫁接方法。目前围绕植物嫁接愈合过程的解剖学、生理生化、蛋白组学、转录组学等多个方面研究已有一定进展，故研究薄壳山核桃嫁接过程中基因表达的差异，从基因层面上研究薄壳山核桃嫁接愈合分子机理，为薄壳山核桃的生产提供理论基础。【2】
2转录组分析
转录组学(Transariptomics)是从RNA水平研究基因表达的情况，是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律，是研究细胞表型与功能的一个重要手段。
转录组测序可以准确获得某一物种特定组织或器官产生的所有转录本信息以及数字基因表达水平，从整体水平上分析基因的结构和功能，并揭示特定生物学进程中的分子机理(Wang et al., 2016)。近年来，转录组测序技术在生物学研究等领域应用广泛，已应用于多种果树，主要包括苹果(Zhang et al., 2012)、梨(Liu et al., 2012)、杨梅(Feng et al., 2012)、芒果(Mitzuko et al., 2015)、桃(Verde et al., 2013)和蓝莓 (王云生, 2016)等。【3】
2.1 基因GO(gene ontology)分析
GO(gene ontology)分别从功能、参与的生物途径、细胞中的定位，对基因产物进行了简单注释。所以通过GO富集分析可粗略地了解基因富集在哪些生物学功能、途径或细胞定位。Gene Ontology（GO，即基因本体论）数据库是一个较大的公开的生物分类学网络资源的一部分，它包含38675 个EntrezGene注释基因中的17348个，并把它们的功能分为三类：分子功能，生物学过程和细胞组分。在每一个分类中，都提供一个描述功能信息的分级结构。这样，GO中每一个分类术语都以一种被称为定向非循环图表（DAGs）的结构组织起来。研究者可以通过GO分类号和各种GO数据库相关分析工具将分类与具体基因联系起来，从而对这个基因的功能进行描述。在转录组数据分析中，研究者可以找出哪些变化基因属于一个共同的GO功能分支，并用统计学方法检定结果是否具有统计学意义，从而得出变化基因主要参与了哪些生物功能。
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